Feladataink a kizárólagos állami tulajdonban lévő folyóink kezelése, ezen belül a folyószabályozási-, mederfenntartási munkák, a folyószabályozási művek kiépítése és fejlesztése, azok fenntartása, üzemeltetése. A folyók mentén az állami tulajdonban lévő holtágak fenntartása, üzemeltetése, továbbá szakértői tevékenység.
Folyószabályozási és mederfenntartási feladatokat a Mura Horvátországgal közös, a Rába országhatár–Sárvár közötti, valamint a Lapincs magyarországi szakaszán látunk el. Folyóinkon beavatkozásra, szabályozásra az eddigiekben is és a jövőben is csak indokolt esetben (belterületeken, ahol lakóházak vannak veszélyben, a folyót keresztező közlekedési műtárgyak térségében és a már kiépített árvízvédelmi művek mentén) került, illetve kerülhet sor. Folyóink egyike sem hajóút.
Rába
Igazgatóságunk kezelésébe a Sárvár–országhatár közötti folyószakasz tartozik. Ezen folyószakasz többnyire ősállapotúnak mondható, mivel mindössze 16 %-a szabályozott, s nem is célunk a természetes állapot megváltoztatása.
a kezelésünkben lévő folyószakasz hossza: 130 km
vízgyűjtő területe Sárvár felett: 5.566 km2
mértékadó vízhozama (Q 1%): 900 m3/sec
Lapincs
Magyarország területére eső szakasza teljes hosszában szabályozott. A folyószabályozási munkákra az osztrák vízügyi Féllel közösen 1980-ban került sor, a Lapincs menti árvízvédelmi művek kiépítésének kezdetekor.
a kezelésünkben lévő folyószakasz hossza: 1,8 km
vízgyűjtő területe: 1.994 km2
mértékadó vízhozama (Q 1%): 700 m3/sec
Mura
A Mura magyarországi alsó szakasza határfolyó Magyarország és Horvátország között. Csak részben szabályozott. Magyarország területén torkollik befogadójába, a Drávába.
a kezelésünkben lévő folyószakasz hossza: 48,6 km
a vízgyűjtőterület: 14.314 km2
mértékadó vízhozama (Q 1%): 1.650 m3/sec